В аниме "Непутевый ученик в школе магии" магия превратилась в науку, а сверхспособности стали важнейшим ресурсом для государств. Брат и сестра, Тацуя и Миюки Сиба, поступают в престижную магическую школу, где абитуриентов разделяют на "цветы" и "сорняки". Миюки, обладая выдающимися способностями, оказывается среди лучших студентов, в то время как Тацуя, несмотря на свои скрытые таланты, попадает в класс недоучек. Его жизнь в школе становится настоящим испытанием, полным магических вызовов и интриг, где он должен найти свое место и доказать, что даже "сорняки" могут удивлять.