В 2015 году, в мире, где магия переплетается с наукой, организация Caldea берёт на себя ответственность за сохранение человечества. Однако внезапное исчезновение будущего и подтверждение его вымирания к 2017 году ставят всех в шок. Причина оказывается связана с таинственным "ненаблюдаемым царством" в японском городке Fuyuki, обнаруженным в 2004 году. В ответ на эту угрозу Caldea инициирует Великий Приказ — экспедицию за Священным Граалем. Главная цель — выявить и устранить причину, приведшую к катастрофе, и тем самым спасти человечество от неминуемой гибели. Сражения, интриги и магические силы ждут участников этой опасной миссии.