В фильме «Птицам крылья не в тягость» действие разворачивается в 1941 году, на фоне ужасов Великой Отечественной войны. Капитан Константин Зарубин и рядовой Петр Полушкин, оставшиеся в окружении после кровопролитного боя, спасаются на небольшом катере, которым управляет Екатерина Семеновна — строгая воспитательница детдома для детей «врагов народа». Несмотря на её фанатичную преданность Сталину и жесткие методы воспитания, Зарубин и Полушкин пытаются смягчить суровые условия жизни детей. В процессе взаимодействия с ними Екатерина постепенно открывается, становясь более человечной. Однако путь к спасению оказывается усеянным трудностями, так как фашисты контролируют всю территорию.