В аниме "Изетта, последняя ведьма" действие разворачивается в альтернативной реальности 1939 года, когда империалистическая Германия стремится к мировому господству. Княжество Елистат, расположенное у подножия Альп, оказывается на грани уничтожения. Фине, единственная дочь короля Рудольфа III, вынуждена взять на себя командование обороной родины, несмотря на свою юность и неопытность. Судьба приводит её к Изетте — загадочной ведьме, обладающей невероятными магическими способностями. Вместе они должны объединить свои силы, чтобы противостоять мощной армии врага и сохранить независимость своего княжества, рискуя всем ради свободы.